Öncelikle bir eserin tefsir olması için Kur’an-ı Kerim’deki bütün sure ve ayetleri "Fatiha’dan Nas’a" kadar sırayla ve tek tek açıklaması şart değildir. Zira tefsir geleneğinde rivayet tefisiri, dirayet tefsiri, ahkâm (fıkhî) tefsir, içtimaî tefsir, lafzî tefsir, işârî tefsir, kelâmî/itikadî tefsir, konulu tefsir gibi farklı metotlar bulunmaktadır.¹ Bu açıdan Risale-i Nur’un tefsir anlayışı da klasik sure-sure tefsir metodundan farklıdır. Özellikle iman, tevhid, nübüvvet, haşir, adalet ve ibadet gibi Kur’an’ın temel maksatları üzerinde yoğunlaşarak, asrın ihtiyaç duyduğu imana dair meseleleri Kur’an’ın ayetleri ışığında açıklamayı esas alır. Nitekim akademik çalışmalarda da Risale-i Nur’un ağırlıklı olarak Kur’an’ın ana konularına dair ayetleri ele alan konulu ve itikadî/kelâmî bir tefsir özelliğinde olduğu ifade edilmektedir. Bediüzzaman Hazretleri Risale-i Nur'un nasıl bir tefsir olduğunu şöyle izah etmektedir:

Tefsîr iki kısımdır. Birisi: Ma‘lûm tefsîrlerdir ki, Kur’ân’ın ibâresini ve kelime ve cümlelerinin ma‘nâlarını beyân ve îzâh ve isbat ederler. İkinci kısım tefsîr ise:, Kur’ân’ın îmânî olan hakîkatlerini kuvvetli hüccetlerle beyân ve isbat ve îzâh etmektir. Bu kısmın pek çok ehemmiyeti var. Zâhirdeki ma‘lûm tefsîrler, bu kısmı bazen mücmel bir tarzda derc ediyorlar. Fakat Risâle-i Nûr doğrudan doğruya bu ikinci kısmı esas tutmuş, emsâlsiz bir tarzda muannid feylesofları susturan bir ma‘nevî âlî tefsîrdir.²

Bu sebeple Risale-i Nur, klasik anlamda ayetlerin kelime kelime açıklamasını yapan bir tefsirden ziyade, Kur’an’ın iman esaslarını esas alan ve dönemin ihtiyaç duyduğu manevi problemlerin izahının yapan "manevi bir tefsir" olarak nitelendirilir.

Bediüzzaman Hazretleri’nin başlangıçta daha kapsamlı bir tefsir yazma niyeti de vardır. Bunun ilk örneği olan İşârâtü’l-İ‘câz, Fatiha Suresi ile Bakara Suresi’nin başlangıcından 33. ayetine kadar olan kısmı klasik tefsir üslubuna yakın şekilde ele almıştır. Ancak Birinci Dünya Savaşı’nın ağır şartları sebebiyle eser tamamlanamamıştır. Bediüzzaman Hazretleri, İşârâtü’l-İ‘câz’ın başında bu eserin bütün Kur’an’ı kapsayacak şekilde devam etmesi halinde nasıl bir tefsir meydana geleceğini şöyle ifade eder:

Eğer birinci harb-i umûmî gibi mâni‘ler olmasa idi, tefsîrin şu birinci cildi, i‘câz vücûhundan olan i‘câz-ı nazmîyi beyân ettiği gibi; diğer cüz’ler ve mektûblar da, müteferrik hakāik-i tefsîriyeyi içine alsa idi, Kur’ân-ı Mu‘cizü’l-Beyân’a güzel bir tefsîr-i câmi‘ olurdu.³

Ayrıca kendi çalışmasını ileride yapılacak daha kapsamlı bir tefsire hazırlık olarak gördüğünü açıkça belirtir:

Belki inşâallâh şu cüz’-i tefsîr ve altmış altı aded, belki yüz otuz aded Sözler ve Mektûbât risâleleriyle beraber me’haz olursa, ileride bahtiyar bir hey’et öyle bir tefsîr-i Kur’ânî yazsın inşâallâh.⁴

Dolayısıyla Risale-i Nur’a "Bütün âyetleri neden tek tek açıklamıyor?" şeklinde bakmak, onun tefsir metodunu klasik tefsir anlayışıyla ölçmek olur. Risale-i Nur’da amaç, özellikle modern dönemde şüphe ve inkar karşısında ihtiyaç duyulan iman esaslarını Kur’ân’ın bütünlüğü içerisinde izah etmektir. Bu sebeple bir ayet bazen uzun uzun ele alınırken başka bir ayet sadece bir cümle veya işaretle zikredilebilir. Esas olan, Kur’an’ın insanın imanına, aklına ve hayatına bakan temel hakikatlerini ortaya koymaktır. Bu yönüyle Risale-i Nur, klasik tefsirlerden farklı bir metot takip eden, özellikle iman ve Kur’an hakikatlerinin asrın anlayışına uygun şekilde açıklanmasını hedefleyen bir tefsir külliyatı olarak değerlendirilmelidir. Bediüzzaman Hazretlerinin bu konudaki bazı sözleri şöyledir:

Risâle-i Nûr, Kur’ân’ın hakîkî bir tefsîri ve hakîkatinin bir tercümanı ve mes’elelerinin burhânıdır.⁵

Risâle-i Nûr Kur’ân’ın çok kuvvetli hakîkî bir tefsîridir.⁶

... Risâle-i Nûr eczâlarının Ankara’dan bir hey’et-i ilmiyenin tedkîkinde, Kur’ân’ın hakîkî bir tefsîri olduğu ilmî raporla tevsîk ve tasdîk edilmesinden, eserlerle beraber mahbûs ve istintâk edilen yüz yirmi talebenin berâetiyle netîcelenir.⁷

Kur’ân-ı Hakîm’in sırr-ı i‘câzıyla, hakîkî bir tefsîri olan Risâle-i Nûr, bu dünyada bir ma‘nevî cehennemi, dalâlette gösterdiği gibi; îmânda dahi bu dünyada ma‘nevî bir cennet bulunduğunu isbat ediyor.⁸

Risâle-i Nûr, taklîdî îmânı tahkîkî îmâna çeviren. ve bu mübârek vatan ve kahraman milleti dinsizliktenkurtaran. ve komünistliği kökünden kesen. Kur’ân-ı Kerîm’in bu asırda bir mu‘cize-i ma‘neviyesi ve hakîkî bir tefsîri olan bir eser külliyâtıdır.⁹

Bediüzzaman Hazretlerinin bu ifadelerinden de anlaşılacağı üzere, Risâle-i Nur’un tefsir oluşu, Kur’an’ın imana ve hakikate dair meselelerini ortaya koyup açıklaması ve bunları akli delillerle ispat etmesi şeklindedir. Nitekim kendisi Risale-i Nur’u “Kur’ân’ın hakîkî bir tefsîri ve hakîkatinin bir tercümanı ve mes’elelerinin burhânı” olarak tarif etmektedir.

Bu bağlamda Risale-i Nur, özellikle modern dönemde ortaya çıkan şüphe ve inkarlara karşı Kur’an’ın iman esaslarını akli ve mantıki delillerle açıklaması, Risale-i Nur’un kendine mahsus tefsir metodudur. Bu bakımdan Risale-i Nur, Kur’an’ın bütün ayetlerini tek tek açıklayan klasik bir tefsir değil, Kur’an’ın iman hakikatlerini ve asrın ihtiyaçlarına bakan temel mesajlarını merkezine alan, onları açıklayıp delillendiren bir tefsir külliyatıdır.