Kötülük problemi, tarih boyunca hem felsefenin hem de dini düşüncenin en temel meselelerinden biri olmuştur. "Mutlak iyi ve kudretli bir Allah’ın varlığı ile dünyadaki kötülüklerin varlığı nasıl uzlaştırılabilir?" sorusu etrafında yoğun tartışmalara konu olmuştur. Risale-i Nur Külliyatı ise bu probleme doğrudan sistematik bir başlık altında değil, farklı risale ve bahislerde dağınık fakat bütüncül bir yaklaşım sunarak cevap vermektedir. Konunun geçtiği bir kısım yerlere değinecek olursak;
12. Mektup (İkinci ve Üçüncü Sual)

İkinci Suâliniz: Şeytanların halkı ve îcâdı ne içindir? Cenâb-ı Hakk şeytanı ve şerleri halketmiş, hikmeti nedir? Şerrin halkı şerdir. Kabîhin halkı kabîhtir.
Elcevab: Hâşâ, halk-ı şer şer değil, belki kesb-i şer şerdir. Çünkü halk ve îcâd, bütün netâice bakar. Kesb, hususî bir mübâşeret olduğu için, hususî netâice bakar... ¹

Bu bölüm, kötülük probleminin en direkt cevabını veren yerlerden biridir. "Şeytanların yaratılmasındaki hikmet nedir? Şerlerin yaratılması şer değil midir?" sorusu üzerinden şu temel kaideler işlenir:

Halk-ı şer, şer değil; kesb-i şer, şerdir: Yani şerri yaratmak değil, onu iradesiyle seçip yapmak kötülüktür. Mesela ateş, kişinin kullanımına göre iyi veya kötü olur. Onu kötüye kullanmak ateşin kötü olduğu anlamına gelmemektedir.
Hayr-ı kesîr için şerr-i kalîl kabul edilir.: Daha büyük bir hayrı netice veren küçük bir şer, aslında hayırdır. Mesela kangren olan bir parmağın kesilmesi şer görünür ama vücudun kurtulması için hayırdır.

Üçüncü Suâliniz: Cenâb-ı Hakk musibetleri veriyor. Belâları musallat ediyor. Hususan ma‘sûmlara, hatta hayvanlara bu zulüm değil mi?

Elcevab: Hâşâ, mülk onundur. Mülkünde istediği gibi tasarruf eder...²

Allah mülkün sahibidir; yaptığı tasarruf zulüm değil hikmettir. Musibetler dışarıdan bakıldığında acı ve şer gibi görünse de, hakikatte ya imtihan, ya terakki vesilesi, ya da daha büyük hayırlara kapıdır. Bu yüzden özellikle masumlar ve hayvanlar hakkında görülen sıkıntılar da İlâhî adalet ve rahmetle çelişmemektedir.

2. Şua (Üçüncü Makam)

Bu makama âit gayet mühim iki şıklı bir suâle, gayet muhtasar ve kuvvetli bir cevabdır.
Suâlin Birinci Şıkkı: Bu makamda diyorsun ki: “Kâinâtı hüsün ve cemâl ve güzellik ve adâlet ihâta etmiştir. Halbuki gözümüz önündeki bu kadar çirkinliklere ve musibetlere ve hastalıklara ve beliyyelere ve ölümlere ne diyeceksin?”
Elcevab: Çok güzellikleri intâc eden veya izhâr eden bir çirkinlik dahi, dolayısıyla bir güzelliktir. Ve çok güzelliklerin görünmemesine ve gizlenmesine sebeb olan bir çirkinliğin yok olması ve görünmemesi, yalnız bir değil, belki müteaddid def‘a çirkindir...³

Tevhid ve adalet ilişkisinin işlendiği bu bölümde, kâinattaki nizamın içinde neden kusur ve çirkinlik görünen şeylerin bulunduğu anlatılmaktadır. Işığın derecelerinin karanlıkla, sıcaklığın derecelerinin soğukla bilinmesi gibi güzelliğin mertebelerinin de araya giren "çirkinlik perdeleri" ile ortaya çıktığı nazara verilmektedir.

13. Lem'a (Hikmet-i İstiaze)

İkinci İşaret: Şeytanın yaratılış hikmeti. Bu bölümde "Şeytanların yaratılmasındaki hikmet nedir? Şer değil midir?" sorusuna cevap verilmektedir.⁴

İkinci İşaret: On ikinci mektupta geçen yerin bir benzeri, yani şerri yaratmak değil, onu iradeyle seçip yapmak kötülüktür.

26. Söz (Kader Risalesi - Zeyl kısmı)

Çünki kader, hakîkî illetlere bakar, adâlet eder. İnsanlar zâhirî gördükleri illetlere hükümleri bina ederler, kaderin ayn-ı adâletinde zulme düşerler.⁵

Yani insanlar bir hadiseyi değerlendirirken sadece dış dünyaya yansıyan somut sebeplere göre hüküm verdikleri için yanılıp zulme düşebilirken, kader o kişinin hayatındaki gizli ve hakiki nedenlere bakarak "tam bir adaletle" hükmeder.

18. Söz (İkinci Nokta)

İkinci Nokta: اَحْسَنَ كُلَّ شَيْءٍ خَلَقَهُ âyetinin bir sırrını îzâh eder. Şöyle ki: Her şeyde, hatta en çirkin görünen şeylerde hakîkî bir hüsün ciheti vardır. Evet, kâinâttaki her şey, her hâdise ya bizzât güzeldir, ona ‘hüsn-ü bizzât’ denilir. Veya neticeleri cihetiyle güzeldir ki, ona ‘hüsn-ü bilgayr’ denilir. Bir kısım hâdiseler var ki, zâhirî çirkin, müşevveştir. Fakat o zâhirî perde altında gayet parlak güzellikler ve intizâmlar var.⁶

"Kâinatta her şey ya bizzat güzeldir veya neticeleri itibarıyla güzeldir" (hüsn-ü bizzât / hüsn-ü bilgayr) kuralı burada açıklanmaktadır. Dışarıdan çirkin görünen olayların (ölüm, hastalık, fırtına vb.) arka planındaki rahmet ve hikmet açıları nazara verilmektedir.