Bediüzzaman hazretlerinin eski Said döneminde felsefe ile İslam'a hizmet ettiğini, yeni Said döneminde ise doğrudan İslamı esas tuttuğuna ilişkin, Risalelerde bahisler vardır. İkisi arasındaki somut fark nedir?
Eski Said zamanında fen ve felsefenin dediklerini kabul edip onların silahıyla onlara cevap veriyordu. Fakat bu o kadar tesirli olmuyordu. Şu zamanda bazılarının yaptığı tarz işte böyle bir tarzdır. Onların görüşlerini öne çıkararak ve onların bir cihetle bakış açılarını ve görüşlerini kabul ederek cevap vermeye çalışıyorlar. Bazı belgesel tarzında hazırlanan cd ler böyledir. Onların görüşleriyle onların tarzıyla cevaplar vermeye çalışıyorlar. Fakat Risale-i Nurlar kadar etkili olamıyorlar.
Yeni Said döneminde ise Kuranın dediklerinin doğruluğunu yine direk Kurani bir metotla izah ediyor. Baştan Kuran ne diyor ona bakıyor. Sonra bu hakkı izah ve isbat ediyor. Bu şekilde fen ve felsefeyi değil vahyi öne çıkarıyor. Temsil ve ikna ve isbat metodunu kullanıyor. Yaptığı izahlar isbatlar, kıyaslar ve kurduğu mantık cerh edilemiyor.
Üstadımız Bediüzzaman hazretleri bu noktada şöyle demiştir:
"Yedinci İşaret yani Üçüncü Sual: Diyorlar ki: "Senin eski zamandaki müdafaatın ve İslâmiyet hakkındaki mücahedatın, şimdiki tarzda değil. Hem Avrupa'ya karşı İslâmiyet'i müdafaa eden mütefekkirîn tarzında gitmiyorsun. Neden Eski Said vaziyetini değiştirdin? Neden manevî mücahidîn-i İslâmiye tarzında hareket etmiyorsun?
Elcevab: Eski Said ile mütefekkirîn kısmı, felsefe-i beşeriyenin ve hikmet-i Avrupaiyenin düsturlarını kısmen kabul edip, onların silâhlarıyla onlarla mübareze ediyorlar; bir derece onları kabul ediyorlar. Bir kısım düsturlarını, fünun-u müsbete suretinde lâ-yetezelzel teslim ediyorlar, o suretle İslâmiyetin hakikî kıymetini gösteremiyorlar. Âdeta kökleri çok derin zannettikleri hikmetin dallarıyla İslâmiyeti aşılıyorlar, güya takviye ediyorlar. Bu tarzda galebe az olduğundan ve İslâmiyetin kıymetini bir derece tenzil etmek olduğundan, o mesleği terkettim. Hem bilfiil gösterdim ki: İslâmiyetin esasları o kadar derindir ki; felsefenin en derin esasları onlara yetişmez, belki sathî kalır. Otuzuncu Söz, Yirmidördüncü Mektub, Yirmidokuzuncu Söz bu hakikatı bürhanlarıyla isbat ederek göstermiştir. Eski meslekte, felsefeyi derin zannedip, ahkâm-ı İslâmiyeyi zahirî telakki edip felsefenin dallarıyla bağlamakla durutmak ve muhafaza edilmek zannediliyordu. Halbuki felsefenin düsturlarının ne haddi var ki, onlara yetişsin?" (Mektubat, 29. Mektub)