Bu ikisi de aynı şeye verilen isimlerdir. Bu yüzden çoğunlukla eş anlamlı olarak kullanılırlar.

Bazen az bir farkla kullanıldığı da anlaşılmaktadır. Bu fark ise, nisbet edildikleri şeylerden kaynaklanmaktadır. Meselâ bir bitkinin meyvesinde ortaya çıkan neticesi olarak zikredildiğinde o bitkinin özünü taşıyan çekirdeklerden bahsedilir.

Bu çekirdeklerin toprağa ekilerek başka bitkilere başlangıç olması bahsedildiğinde tohum denilir. Mesela toprağa çekirdek ekildi denilmez, tohum ekildi denilir. Tohumluk olarak ayrılmaktan bahsedilir.

Üstad 10. Söz'de bu manaya uygun bir şekilde şöyle der: "Hem nasılki bu hazır bahardan evvel geçmiş güzün bıraktığı tohumlar ve kökler; bu bahar gittikten sonra gelecek baharlarda bırakacağı çekirdekler, kökler..."

Yani güzün toprağa girenler gelecek bahara tohumluk yaparlar. Gelecek baharda bitkilerde netice olarak ortaya çıkanlar çekirdek olurlar.