Bediüzzaman hazretleri bir yerde "“Vicdanın ziyası ulum-u diniyedir. Aklın nuru fünun-u medeniyedir. İkisinin imtizacıyla hakikat tecelli eder." demektedir. Ancak 11. recada "ulûm-u felsefiyeyi, ulûm-u İslâmiye ile beraber havsalama doldurmuştum. O ulûm-u felsefiyeyi pek yanlış olarak ma‘den-i tekemmül ve medâr-ı tenevvür zannetmiştim. Halbuki o felsefî mes’eleler, ruhumu çok fazla kirletmiş ve terakkıyât-ı ma‘neviyemde engel olmuştu." demektedir.İikinci cümle ile birinci cümle nasıl birlikte düşünülecek?
Fünun-u medeniye ile ulumu-u felsefiyenin aynı şeyler değildir. Fünun-u medeniye fizik, kimya, astronomi, matematik, tıp vb. ilimlerdir. İnsan bu ilimlerin yardımıyla kainatta tecelli eden Esma-i İlahiyeyi daha iyi anlar. Bu ilimler imanın yardımıyla marifetullahı artırır. Ulum-u felsefiye ise medeniyet fenlerinin gösterdiği hakikatlere vahyin gözlüğü ile değil sırf akıl ile bakar. Bu cihette hata eder. İbn-i sina, Farabi Aristo, Eflatun gibi.
Üstadın İslami ilimlerle beraber medeniyet fenlerini ve feylesofların eserlerini de okuduğunu anlıyoruz. Üstadın Ruhumu kirletmiş dediği ilimler medeniyet fenleri değildir. (Çünkü bunlar adetullah kanunlarıdır) Belki İbn-i Sina, Farabi, Aristo, Eflatun gibi feylesofların kitaplarında geçen meseleler olsa gerek.