Fünun-u medeniye ile ulumu-u felsefiyenin aynı şeyler değildir. Fünun-u medeniye fizik, kimya, astronomi, matematik, tıp vb. ilimlerdir. İnsan bu ilimlerin yardımıyla kainatta tecelli eden Esma-i İlahiyeyi daha iyi anlar. Bu ilimler imanın yardımıyla marifetullahı artırır. Ulum-u felsefiye ise medeniyet fenlerinin gösterdiği hakikatlere vahyin gözlüğü ile değil sırf akıl ile bakar. Bu cihette hata eder. İbn-i sina, Farabi Aristo, Eflatun gibi.

Üstadın İslami ilimlerle beraber medeniyet fenlerini ve feylesofların eserlerini de okuduğunu anlıyoruz. Üstadın Ruhumu kirletmiş dediği ilimler medeniyet fenleri değildir. (Çünkü bunlar adetullah kanunlarıdır) Belki İbn-i Sina, Farabi, Aristo, Eflatun gibi feylesofların kitaplarında geçen meseleler olsa gerek.